RNA亲和纯化测序（RAP-seq）

技术简介

蛋白质和RNA是具有紧密关系的生物分子，能够通过物理相互作用参与完成细胞的周期并调控细胞的生物学过程。如果干扰了它们的正常相互作用，将会导致细胞功能障碍和疾病发生。因此，研究RNA与蛋白质的相互作用对于理解细胞内分子机制和相关疾病的发病机理具有重要意义。

以蛋白质为中心鉴定与蛋白质结合的RNA，传统的方法是使用特异性抗体进行免疫共沉淀，鉴定出与蛋白质结合的RNA，比如RNA immunoprecipitations（RIP）、Cross-linking and immunoprecipitation（CLIP）。然而，这些传统技术的应用受限于高质量的抗体，但是有些蛋白无法获得高质量的特异性抗体。如果使用标签抗体就需要对验材料进行遗传转化获得稳定的转化材料，并且无法同时对多个RNA结合蛋白（RNA Binding Protein，RBP）结合的RNA进行高通量筛选和鉴定，这就限制了RIP和CLIP更广泛的应用。

蓝景科信推出一种全新的鉴定与蛋白结合的RNA技术平台：RNA亲和纯化测序技术（RNA Affinity Purification Sequencing, RAP-seq）。该技术是通过体外蛋白表达技术，表达出带有标签的RNA结合蛋白，然后与RNA在体外进行孵育和结合，再分离出与目的RBP结合的RNA，进行建库与高通量测序，通过生物信息学分析，可以鉴定出蛋白质结合的mRNA、lncRNA等与细胞命运紧密相关的重要RNA。

RNA亲和纯化测序（RAP-seq）作为一种新兴的技术，不需要针对每个蛋白制备特异性抗体，也无需制备遗传转化材料，突破了物种的限制，为我们提供了一种有力的手段来探究基因与RNA之间的相互作用，以及这些相互作用如何影响基因的表达和生物学功能。高效助力RNA结合蛋白（RBP）调控机制研究。

服务流程

项目文章（一）

文章标题：Populus euphratica GRP2 Interacts with Target mRNAs to Negatively Regulate Salt Tolerance by Interfering with Photosynthesis, Na+, and ROS Homeostasis

期刊：International Journal of Molecular Sciences

影响因子：4.9

研究使用RNA亲和纯化测序（RAP-seq）技术鉴定及揭示了胡杨富含Gly的RNA结合蛋白PeGRP2与靶向mRNAs相互作用通过影响光合作用、Na+和ROS稳态负调控灰杨耐盐性的机制。

项目文章（二）

文章标题：Rare variations within the serine/arginine-rich splicing factor PtoRSZ21 modulate stomatal size to determine drought tolerance in Populus

期刊：New Phytologist

影响因子：8.3

通过RNA亲和纯化测序（RAP-seq）技术鉴定了与PtoRSZ21直接相互作用的mRNA分子，进而揭示了这一基因如何通过调节气孔大小来增强杨树的抗旱能力。研究结果显示，PtoRSZ21调控了一系列与气孔发育相关的基因，从而影响了杨树的水分利用效率和对干旱的耐受度。进一步阐明了PtoRSZ21在调控特定基因的可变剪接过程中的具体机制。